Na ústavech AV ČR je možné absolvovat doktorské studium v různých vědních oblastech. Dle legislativy se studium uskutečňuje pouze ve spolupráci s příslušnou vysokou školou. Ústavy AV ČR mají schválené společné akreditace s VŠ k uskutečňování Ph.D. studia v programech blízkých jejich oborům činnosti. Student je zapsán ke studiu na VŠ, kde plní všechny povinnosti studenta. Na své disertační práci pracuje na ústavu AV ČR pod vedením školitele z AV ČR. Obhajoba státní doktorské zkoušky a udělení titulu Ph.D. probíhá na VŠ.
- Archeologický ústav Akademie věd ČR
- Biofyzikální ústav AV ČR
- Psychologický ústav AV ČR
Ústav analytické chemie AV ČR- Ústav biologie obratlovců AV ČR
- Ústav fyziky materiálů
- Ústav přístrojové techniky AV ČR
- Ústav výzkumu globální změny AV ČR
Pobočky v Brně
- Botanický ústav AV ČR v. v. i.
- Historický ústav AV ČR, v. v. i.
- Matematický ústav AV ČR, v. v. i.
- Ústav dějin umění AV ČR, v. v. i.
- Ústav geoniky AV ČR, v. v. i.
- Ústav pro českou literaturu AV ČR, v. v. i.
- Ústav pro jazyk český AV ČR, v. v. i. – dialektologické oddělení
- Ústav pro jazyk český AV ČR, v. v. i. - etymologické odd.
- Ústav termomechaniky AV ČR - témata PhD-studia
- Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR